Ronaldo zadebiutował w reprezentacji Brazylii mając zaledwie 17 lat, 23.03.1994 roku w wygranym towarzyskim spotkaniu z reprezentacją Argentyny. Zaledwie dwa miesiące później w towarzyskim spotkaniu z Islandią (3:0 dla Brazylii), Ronaldo zdobył swoją pierwszą bramkę dla Canarinhos. Dobra gra w Cruzeiro zaowocowała powołaniem na mundialu w 94 roku jednak wychowanek slumsów z Rio nie zagrał ani jednej minuty. Ponoć był tak stremowany, że siedząc na ławie trząsł się ze strachu. Prawdopodobnie, dlatego trener kadry nie zdecydował się na wpuszczenie go na murawę. To był bardzo szczęśliwy mundial dla Canarinhos, którzy po 24 latach ponownie sięgnęli po wymarzone mistrzostwo świata. Po amerykańskim mundialu, Ronaldo na stałe zagościł w kadrze Canarinhos. W 1995 roku Il Fenomeno wyjechał wraz z Brazylią na Copa Amercia jednak podobnie jak na MŚ 94’ był tam tylko rezerwowym dla ówczesnych gwiazd kadry Edmundo, Savio. Ronaldo na Copa America rozegrał tylko jedno spotkaniem z gospodarzem turnieju Ekwadorem. Canarinhos doszli aż do finału gdzie przegrali po rzutach karnych z reprezentacją Urugwaju 5:3 (1:1 w regulaminowym czasie gry).

Podczas następnej edycji Copa America w 97 roku, Ronaldo był bezsprzeczną gwiazdą w kadrze. Ronaldo zdobył pięć bramek i poprowadził reprezentacje do triumfu w tych rozgrywkach. Pod koniec roku, Canarinhos wraz z Ronaldo wystąpili na Pucharze Konfederacji, gdzie rozegrał 5 meczy i zdobył 4 bramki. W finałowym spotkaniu Canarinhos rozgromili reprezentację Australii aż 6:0. W 1998 roku Ronaldo wraz z Brazylią pojechał na francuskie Mistrzostwa Świata, tym razem Il Fenomeno występował w roli gwiazdy zespołu a nie jak cztery lata wcześniej rezerwowego. Ronaldo miał poprowadzić Canarinhos do obrony mistrzowskiego tytułu.

Turniej France 98 rozpoczął się dla Brazylijczyków do szczęśliwego zwycięstwa nad Szkocją. Później Canarinhos pokonali gładko Maroco i niespodziewanie przegrali z Norwegami. Jednak bez problemów awansowali do 1/8 finału, gdzie prawdziwy popis dał Ronaldo, dobywając dwa gole w wygranym meczy z Chile 4:1. Na drodze do półfinału stanęła Dania i po trudnym meczu Brazylia wygrała 3:2. Kolejny mecz z Holendrami był bardzo dramatyczny, najpierw Ronaldo wyprowadził swój zespół na prowadzenie, ale tuż przed końcem meczu Patrick Kluivert doprowadził do remisu. Było, więc 1:1 i o wszystkim decydowały rzuty karne. W nich lepsi okazali się Brazylijczycy i awansowali do finału. Tam na Canarinhos czkali gospodarze turnieju Francuzi. Co się stało z Ronaldo w dniu meczu, jeszcze długo zostanie wielką tajemnicą. Wiadomy tylko, że na 30 minut przed rozpoczęciem meczu w drużynie Kanarków nie miał grać Ronaldo za jego miał grać Edmundo. Ostatecznie Ronaldo wystąpił w meczu, ale na boisku był cieniem samego siebie. Brazylia przegrała ten mecz 0:3. Do dnia dzisiejszego nadal nie wiadomo co tak naprawdę przydarzyło się Ronaldo jednak istnieje kilka wersji, jedna z nich mówi, że Ronaldo w dniu finału zatruł się, dostał zapaści, stracił przytomność i został przewieziony do jednego z paryskich szpitali.

Według relacji Roberto Carlosa, który dzielił razem z Ronaldo hotelowy pokój całe zdarzenie wyglądało tak: wszyscy zawodnicy dość późno położyli się spać a dnia następnego mili poranny trening. Po treningu Ronaldo powiedział lekarzowi, że odczuwa ból w kolanach. Napastnik został podany zabiegom fizjoterapeutycznym, następnie Ronaldo udał się do swojego pokoju. Ronaldo i Roberto Carlos oglądali telewizję na następnie zasneli. Roberto Carlosa obudził hałas. Ronaldo, który leżał na sąsiednim łóżku dostał drgawek. Roberto Carlos szybko wezwał pomoc. Dość szybko przyjechała karetka, która zawiozła Ronaldo do szpitala, gdzie został poddany licznym badaniom, które nie wykazały nić niepokojącego.

Kiedy Ronaldo przebywał jeszcze w szpitalu to reprezentacja Brazylii wyjechała a już na stadion Stade de France, gdzie odbywał się finał. Ronaldo dotarł tam prosto ze szpitala. Zagalo spytał się zawodnika, czy ten czuje się na tyle dobrze aby móc zagrać, Ronaldo odpowiedział, ze tak. Mówi się, że to firma Nike oraz inni sponsorzy naciskali na trenera Zagalo aby ten wstawił do składu schorowanego Ronaldo.

Po prawie dwunastu latach mówi się, że główny sponsor Seleção oraz zawodnika, czyli koncern Nike wymusił na trenerze Mário Zagallo, aby ten wystawił na siłę schorowanego R9.

Inna wersja, mniej prawdopodobna jest taka, że CBF zgodziło się na porażkę w finale w zamian za pewne inwestycje w kraju.

Z kolei jeszcze inni twierdzą, że młody Ronaldo doznał załamania nerwowego, co zdiagnozowali francuscy lekarze. Jeszcze inni mówią, że Fenomeno doznał silnej reakcji na lidokainę (lek przeciwbólowy), ponieważ napastnik otrzymywał podczas mundialu zastrzyki przeciwbólowe na bolące kolano.

Pomimo upływu wielu lat przyczyna tajemniczego zasłabnięcia Ronaldo nie została wyjaśniona. Sprawę badały nawet dwie komisje śledcze.

Po fatalnym mundialu, Ronaldo miał szansę na rehabilitacje w turnieju Copa America 99’. Canarinhos bronili tytułu z przed dwóch lat i wszyscy mieli nadzieję, że go obronią. Turniej rozpoczął się dla Brazylii wyśmienicie, Canarinhos rozgromili reprezentację Wenezueli aż 7:0 a Ronaldo zdobył dwa gole. Brazylijczycy szli przez cały turniej jak burza wygrywając z Meksykiem, Chile, Argentyną oraz w finałowym spotkaniu z Urugwajem. Brazylia w całym turnieju wygrała wszystkie sześć spotkań a Ronaldo z 5 trafieniami został królem strzelców turnieju.

Ronaldo na następny mecz kadry musiał czekać prawie trzy lata, wszystko groźne kontuzje jakie zawodnik odniósł grając w Interze Mediolan. Il Fenomeno wrócił na mundial w Korei i Japonii. Kiedy przed azjatyckim mundialem Ronaldo zapowiadał, że zostanie królem strzelców, mało kto mu wierzył w możliwość dotrzymania tej obietnicy. A jednak... Już w pierwszym meczu strzelił pięknego gola po podaniu Rivaldo, a Brazylia ostatecznie wygrała z Turcją. Jednak później Brazylijczyk grał jeszcze atrakcyjniej i regularnie zdobywał bramki dla Brazylii. Przed finałowym meczem z Niemcami miał już na swoim koncie sześć trafień. O jednego gola mniej mieli Miroslav Klose i Rivaldo. Gdy wszyscy spodziewali się rywalizacji pomiędzy dwoma Brazylijczykami, te w najważniejszym momencie wspaniale ze sobą współpracowali. Wystarczy przypomnieć, że Rivaldo wypracował obydwa gola Ronaldo. Ostatecznie Brazylia wygrała 2-0 i zdobyła swój piąty tytuł mistrzowski w historii.

Po azjatyckim mundialu Ronaldo poprowadził kadrę Brazylii do kolejnego awansu do Mistrzostw Świata 2006. Il Fenomeno w kwalifikacjach rozegrał 15 spotkań, zdobył 10 bramek i został królem strzelców eliminacji. Mistrzostwa Świata 06’ były dla Ronaldo już czwartymi w karierze. W meczu z Chorwacją oraz Australią snajper Królewskich był cieniem samego siebie jednak w pojedynku z Japonią dwukrotnie wpisuje się na listę strzelców, jeszcze jedno trafienie zapisuje na swoim koncie po meczu z Ghaną. Te bramki sprawiły, że stał się samodzielnym liderem klasyfikacji strzelców Mistrzostw Świata wyprzedając Gerda Müllera. Nie idzie to niestety w parze z sukcesem zespołowym i Brazylia żegna się z turniejem po przegranym meczu ćwierćfinałowym z Francją. Dla Ronaldo spotkanie z Francją rozegrane 01.07.2006 na Commerzbank-Arena w Frankfurcie jak na razie było ostatnim występem w kadrze narodowej.